AnyGenes® propose des services de validation de biomarqueurs reposant sur la qPCR ciblée, les SignArrays® centrés sur les voies biologiques et l’analyse de l’expression génique pour étudier des biomarqueurs candidats issus de données transcriptomiques, d’expériences de criblage, de la littérature scientifique ou de travaux exploratoires.
De la sélection des essais à la conception de panels qPCR personnalisés et à l’analyse des données, notre équipe scientifique peut vous aider à définir une approche adaptée à votre question de recherche, à vos échantillons et aux gènes d’intérêt sélectionnés.
La validation ciblée de biomarqueurs peut compléter des études de réponse à des composés in vitro, des analyses de méthylation de l’ADN ou l’analyse de données moléculaires selon la question biologique, les données disponibles et l’avancement du projet.
Caractérisez les réponses à des composés expérimentaux, leurs effets cellulaires et les modifications moléculaires associées à l’aide de modèles cellulaires et d’approches ciblées d’expression génique.
Découvrir le développement de molécules in vitro
Évaluez des biomarqueurs candidats par qPCR ciblée, avec des SignArrays® centrés sur les voies biologiques ou des panels d’expression génique personnalisés adaptés aux objectifs de votre projet.
Examinez la méthylation de l’ADN et la régulation épigénétique à l’aide d’approches moléculaires ciblées adaptées aux régions génomiques sélectionnées et aux questions biologiques étudiées.
Découvrir l’analyse de la méthylation
Analysez des données génomiques et transcriptomiques à l’aide d’approches statistiques et bioinformatiques adaptées à l’expression génique, aux signatures moléculaires et aux objectifs du projet.
Découvrir l’analyse de données à haut débitLa recherche sur les biomarqueurs débute souvent par un ensemble de candidats potentiels. L’étape suivante consiste à prioriser les cibles biologiquement pertinentes puis à les évaluer à l’aide d’une approche ciblée dans le contexte expérimental étudié.
Des biomarqueurs candidats peuvent être identifiés à partir de données transcriptomiques, d’expériences de criblage, d’analyses de voies biologiques, de la littérature scientifique ou de travaux exploratoires.
Sélectionnez les gènes ou transcrits en fonction de leur pertinence biologique, des profils d’expression observés et des objectifs de l’étude.
Évaluez les candidats sélectionnés à l’aide d’essais qPCR ciblés ou de panels personnalisés d’expression génique dans les échantillons et conditions expérimentales pertinents.
Contexte scientifique : la validation par qPCR peut apporter une confirmation expérimentale de biomarqueurs candidats au niveau transcriptique dans des conditions définies. Elle ne suffit pas, à elle seule, à établir leur validité clinique ni leur utilité clinique.
Les projets de validation peuvent démarrer à partir de types d’échantillons, de gènes candidats et de niveaux de preuve expérimentale différents. La stratégie qPCR peut donc être adaptée au matériel biologique disponible, aux cibles sélectionnées et aux objectifs de l’étude.
Préciser la question biologique, les groupes expérimentaux, les biomarqueurs candidats et les comparaisons nécessaires à la validation ciblée.
Sélectionner des amorces validées, un SignArray® existant ou un panel qPCR personnalisé regroupant les gènes pertinents pour le projet.
Évaluer le matériel biologique disponible et les besoins liés à l’ARN avant de définir la stratégie de transcription inverse et d’amplification.
Quantifier les transcrits sélectionnés par PCR quantitative en temps réel dans des conditions expérimentales définies, à l’aide des essais ou du panel retenus.
Normaliser les données qPCR à l’aide de gènes de référence appropriés, comparer les groupes expérimentaux et structurer les résultats pour leur interprétation biologique.
Stratégie adaptée au projet : tous les projets de validation ne nécessitent pas le même point de départ ni la même séquence expérimentale. L’étude peut s’appuyer sur de l’ARN déjà disponible, des données transcriptomiques existantes, des gènes candidats sélectionnés ou une signature génique déjà définie.
Le choix de la configuration qPCR dépend du nombre de cibles, de la quantité d’ARN disponible, des caractéristiques des échantillons et du plan expérimental. AnyGenes® propose des outils complémentaires pouvant être associés dans une stratégie ciblée d’analyse de l’expression génique.
Analysez des groupes de gènes associés à des voies de signalisation, des processus biologiques ou des signatures moléculaires candidates à l’aide de panels qPCR ciblés.
Découvrir les SignArrays®
Concevez un panel ciblé autour de gènes sélectionnés à partir d’études transcriptomiques, de criblages expérimentaux ou d’une stratégie de recherche sur les biomarqueurs déjà définie.
Demander un SignArray® personnalisé
Utilisez des jeux d’amorces évalués expérimentalement pour des cibles géniques individuelles ou intégrez des essais sélectionnés dans un panel qPCR personnalisé.
Découvrir les amorces qPCR validées
Convertissez l’ARN en ADNc avant l’analyse qPCR ciblée à l’aide d’une étape de transcription inverse adaptée aux études d’expression génique.
Découvrir StaRT Reverse Transcription
Les formulations qPCR Master Mix peuvent être associées aux essais validés et aux SignArrays® dans des analyses ciblées par PCR quantitative en temps réel.
Découvrir les Master Mix qPCR
Lorsque la quantité d’ARN est limitée ou que certains transcrits sont peu abondants, une étape de pré-amplification peut être envisagée avant l’analyse qPCR ciblée selon les besoins de l’échantillon et de l’essai.
Découvrir SpeAmp®L’analyse ciblée de l’expression génique peut soutenir des projets de recherche sur les biomarqueurs dans différents contextes expérimentaux. La stratégie de validation dépend de la question biologique, des gènes candidats, des échantillons disponibles et du modèle étudié.
Étudiez des gènes candidats associés à la biologie tumorale, à la prolifération, à l’apoptose, à l’invasion, aux réponses immunitaires ou aux modifications transcriptionnelles observées après un traitement expérimental.
Évaluez des médiateurs inflammatoires sélectionnés, des gènes associés aux cytokines et des profils d’expression liés aux réponses immunitaires dans des conditions expérimentales définies.
Examinez des marqueurs candidats liés à la biologie vasculaire, à la fonction endothéliale, au remodelage cardiaque ou à des modèles expérimentaux pulmonaires.
Étudiez des profils d’expression ciblés associés à la neuro-inflammation, au stress oxydatif, aux réponses neuronales et aux voies impliquées dans la survie cellulaire.
Comparez les réponses transcriptionnelles ciblées entre différentes conditions afin d’examiner les modifications moléculaires et les signatures candidates associées à l’exposition à un composé expérimental.
Sélectionnez des gènes candidats identifiés par RNA-seq et examinez leur expression à l’aide d’essais qPCR individuels ou de panels ciblés personnalisés dans des échantillons et conditions pertinents.
Une stratégie de validation ciblée doit tenir compte du matériel biologique disponible, des caractéristiques et de la quantité d’ARN, de l’espèce étudiée, des gènes sélectionnés et des comparaisons expérimentales prévues.
Les projets peuvent démarrer à partir de tissus, de lignées cellulaires cultivées ou d’ARN extrait, selon la question biologique, le matériel disponible et les besoins des analyses en aval.
Des essais qPCR sont disponibles pour plusieurs espèces couramment étudiées, notamment l’humain, la souris, le rat et le porc. D’autres possibilités peuvent être discutées selon le gène ciblé et la disponibilité des essais.
Lorsque la quantité d’ARN disponible est faible ou que certains transcrits sont peu abondants, une étape de pré-amplification telle que SpeAmp® peut être envisagée avant l’analyse qPCR ciblée.
La composition du panel, la sélection des essais et le format qPCR peuvent être adaptés aux gènes d’intérêt, aux voies biologiques, aux contraintes des échantillons, aux groupes expérimentaux et aux objectifs de l’étude.
Des technologies AnyGenes® d’analyse de l’expression génique ont été intégrées à des travaux de recherche évalués par les pairs en oncologie, recherche cardiovasculaire et pulmonaire, transcriptomique, analyse des lncRNA et recherche sur les biomarqueurs. Les exemples ci-dessous illustrent l’utilisation d’approches qPCR ciblées dans des protocoles expérimentaux publiés.
Des résultats transcriptomiques sélectionnés associés au syndrome de Cornelia de Lange ont été examinés à l’aide de panels qPCR personnalisés AnyGenes®.
Technologie utilisée :
Panels qPCR personnalisés d’expression génique
Un profilage ciblé des lncRNA a été intégré à une étude examinant le passage d’une réponse au méthotrexate à l’acquisition d’une résistance dans des cellules de cancer colorectal.
Technologies utilisées :
Human LncRNA and Cancer SignArray® ·
StaRT Reverse Transcription Kit ·
logiciel d’analyse SignArray®
Une approche qPCR ciblée sur des voies biologiques a été utilisée pour examiner l’expression génique associée à la dysfonction endothéliale dans l’hypertension artérielle pulmonaire.
Technologies utilisées :
Endothelial Dysfunction SignArray® ·
StaRT Reverse Transcription Kit ·
Perfect Master Mix
Contexte scientifique : ces publications illustrent l’utilisation de technologies AnyGenes® dans des études expérimentales évaluées par les pairs. Elles n’impliquent pas nécessairement que l’ensemble de l’étude ait été réalisé dans le cadre d’une prestation AnyGenes®.
Réponses aux questions courantes sur la qPCR ciblée, les biomarqueurs candidats, les panels personnalisés, les échantillons et les stratégies de validation.
Les services de validation de biomarqueurs permettent d’évaluer des biomarqueurs candidats sélectionnés dans un contexte expérimental défini. Pour les candidats au niveau transcriptique, la qPCR ciblée peut être utilisée pour mesurer l’expression de gènes sélectionnés dans des échantillons, groupes ou conditions expérimentales pertinents. Cette validation expérimentale ne permet pas, à elle seule, d’établir une validité clinique ni une utilité clinique.
La découverte de biomarqueurs vise à identifier des candidats potentiels, notamment à partir de données transcriptomiques, d’expériences de criblage, d’analyses de voies biologiques ou de travaux exploratoires. La validation se concentre ensuite sur un ensemble plus restreint de candidats évalués à l’aide d’approches expérimentales ciblées telles que la qPCR.
Oui. Des transcrits sélectionnés à partir de données RNA-seq peuvent être examinés à l’aide d’essais qPCR ciblés ou de panels personnalisés d’expression génique. Cette approche permet d’effectuer un suivi ciblé de résultats transcriptomiques sélectionnés dans des échantillons ou conditions expérimentales définis.
Oui. Des SignArrays® personnalisés peuvent être conçus autour d’une sélection de gènes, de voies biologiques, d’espèces étudiées et d’objectifs de recherche, selon la disponibilité des essais. Cette approche peut être utile lorsqu’un projet nécessite l’analyse simultanée de plusieurs biomarqueurs candidats dans un même panel qPCR ciblé.
Les projets de validation de biomarqueurs peuvent notamment utiliser des tissus, des lignées cellulaires cultivées ou de l’ARN extrait. La stratégie appropriée dépend du matériel biologique disponible, des caractéristiques de l’ARN, des gènes sélectionnés et du plan expérimental.
Lorsque la quantité d’ARN est limitée ou que certains transcrits sont peu abondants, une étape de pré-amplification telle que SpeAmp® peut être envisagée avant l’analyse qPCR ciblée, selon les caractéristiques des échantillons et les besoins de l’essai.
Que vous soyez en phase de priorisation de gènes candidats, de suivi de résultats RNA-seq, d’étude d’une signature de biomarqueurs ou de conception d’un panel qPCR personnalisé, notre équipe scientifique peut vous aider à définir une approche adaptée à vos échantillons, à vos cibles et à vos objectifs de recherche.
