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AnyGenes

Vos questions les plus fréquentes

Bienvenue sur notre page FAQ. Ici, vous trouverez des réponses précises et complètes aux questions que nos clients posent le plus souvent sur nos produits, nos services et notre support technique.

Parcourez facilement entre les différentes sections pour obtenir des informations sur la préparation des échantillons, l’utilisation des qPCR et SignArrays®, l’analyse des données ou encore l’assistance technique.

Notre objectif : vous fournir toutes les clés pour utiliser efficacement nos solutions et optimiser vos recherches.

Préparation des échantillons

Pour effectuer une analyse avec nos SignArrays® et garantir des résultats de haute qualité, il est essentiel d’évaluer la qualité des échantillons d’ARN.

Nous recommandons les tests suivants :

Spectrophotométrie :

Cette méthode permet de mesurer la quantité relative d’ARN dans chaque échantillon et d’évaluer sa pureté. Les critères à respecter sont :

  • Une concentration en ARN total supérieure à 40 µg/ml
  • Un rapport A260/A280 compris entre 1,8 et 2,0
  • Un rapport A260/A230 supérieur à 1,7

Électrophorèse sur gel d’agarose :

Cette technique permet de vérifier l’intégrité de l’ARN et de détecter une éventuelle dégradation.

Ces étapes sont essentielles pour garantir la fiabilité des résultats obtenus avec les SignArrays®.

Vous pouvez nous envoyer vos échantillons sous forme de culots cellulaires séchés ou dans du Trizol (environ 1 ml pour 1 à 10 x 10^6 cellules ou jusqu’à 100 mg de tissu), ainsi que des solutions d’ARN de haute qualité diluées dans de l’eau « sans RNase ». Nous vous recommandons d’expédier vos échantillons dans un contenant en polystyrène rempli de glace sèche. Les tubes doivent être clairement annotés, identifiés et accompagnés d’un document descriptif contenant toutes les données nécessaires à l’analyse. Vous recevrez un protocole d’envoi détaillé avec votre devis.

La quantité recommandée de cDNA pour une analyse avec une plaque SignArray 96 puits correspond à presque la totalité du produit de RT obtenu à partir de 500 ng à 1 μg d’ARN total. Pour une plaque 384 puits, il faut deux fois plus de cDNA. Cependant, des quantités plus faibles d’ARN peuvent également être utilisées.

Afin de pallier d’éventuelles variations expérimentales lors des étapes amont de l’analyse qPCR array (culture cellulaire, RT, etc.), il est recommandé de réaliser vos expériences en triplicates dès le début du protocole. Cependant, pour un même cDNA, il n’est pas nécessaire d’effectuer les qPCR arrays en triplicat, car cette technologie est fiable, robuste et reproductible.

qPCR et SignArrays®

Pour garantir des analyses de haute qualité avec nos SignArrays®, chaque paire d’amorces est validée en laboratoire. Grâce à des méthodes de conception très strictes, ces amorces permettent une amplification spécifique, hautement sensible et reproductible. Notre particularité repose sur la conception des amorces ciblant deux exons, ce qui évite l’amplification d’éventuelles contaminations par l’ADN génomique.

À réception, un contrôle qualité est réalisé pour chaque paire d’amorces afin d’assurer des résultats reproductibles, une efficacité optimale de la qPCR et l’absence de formation de dimères d’amorces. La spécificité des amorces pour leur séquence cible d’ADNc est également validée par la présence d’un unique pic dans les courbes de fusion et d’une seule bande sur gel d’agarose, correspondant à la taille attendue de l’amplicon.

Pour éviter toute contamination, il est essentiel de respecter les bonnes pratiques de laboratoire en qPCR, notamment de travailler dans un espace dit « sans ADN ». Suivez rigoureusement le protocole d’extraction recommandé par le fournisseur. Si des traces d’ADN génomique sont détectées, nous vous conseillons d’ajouter une étape de traitement à l’ADNase après l’extraction de l’ARN. Par ailleurs, la conception de nos amorces minimise la quantification de l’ADN génomique.

Les plaques SignArrays comportent quatre contrôles qualité :

  • 2 contrôles négatifs pour garantir la qualité de votre mélange de réaction de préparation
  • 2 contrôles positifs pour vérifier les performances de la qPCR.

De plus, une très faible valeur de l’écart-type des contrôles positifs permet de vérifier la reproductibilité de la réaction qPCR avec notre kit et vos échantillons.

Nos SignArrays sont compatibles avec la plupart des instruments qPCR. Nous fournissons le format de plaque SignArrays adapté, indiqué lors de votre commande.

Le prix de nos plaques SignArrays dépend du nombre de plaques commandées ainsi que du nombre de tests que vous souhaitez réaliser. Nous proposons des tarifs très attractifs, parmi les plus compétitifs du marché.

Nous recommandons d’utiliser nos SignArrays avec nos réactifs spécialement optimisés pour cet usage. Cependant, vous pouvez utiliser des réactifs fournis par d’autres fournisseurs de votre choix, mais nous ne pouvons pas garantir les résultats obtenus, car nous ne les avons pas testés avec nos SignArrays.

Toutes les plaques SignArrays standards sont utilisées avec SYBR® Green. Cependant, nous proposons également des SignArrays avec des sondes spécifiques.

Pour les voies de signalisation déjà conçues, cela prendra 1 à 2 semaines. Pour les SignArrays personnalisés, cela prendra 4 à 5 semaines. Contactez-nous pour un grand nombre d’échantillons.

Les amorces sont spécifiquement conçues pour générer des amplicons de 70 à 90 pb. Ce design est également adapté à l’analyse d’échantillons FFPE

Nos réactifs Perfect MasterMix SYBR® Green et Perfect MasterMix Probe ont déjà été cités dans plusieurs publications. Plusieurs publications sont en cours concernant nos SignArrays.

Les oligonucléotides présents dans nos SignArrays permettent une efficacité de qPCR comprise entre 95 et 105 % avec notre Perfect MasterMix.

Analyse de données

Le rapport de résultats vous sera envoyé aux formats PDF et Excel.

Après normalisation avec les gènes de référence sélectionnés, la méthode d’analyse utilisée par AnyGenes® est basée sur le calcul ΔΔCt, pour la quantification relative des transcrits.

Plusieurs paramètres peuvent entraîner des valeurs de CT élevées :

  • La quantité initiale d’ARN est très faible : nous vous conseillons d’augmenter la quantité d’ARN de départ.
  • La qualité de l’ARN extrait est médiocre : nous vous recommandons vivement de vérifier vos protocoles et de réaliser les contrôles qualité nécessaires.
  • Des problèmes peuvent être survenus lors de l’étape de transcription inverse (RT) : là encore, il est recommandé de contrôler vos protocoles et d’effectuer les contrôles qualité appropriés.
  • Les gènes d’intérêt ne sont pas exprimés dans vos échantillons.

Il est bien connu que l’expression des gènes de référence (HKG) peut varier d’un type cellulaire à un autre. Pour cette raison, nous incluons dans nos SignArrays 8 HKG afin de vous offrir un plus large choix pour sélectionner les gènes les plus stables et les plus adaptés à votre étude. Nous vous conseillons également d’utiliser des logiciels spécifiques tels que geNorm, Normfinder, GenEx… pour choisir les HKG appropriés.

Support technique

Vous pouvez appeler le 01-45-17-13-54 pour toute question technique ou envoyer un e-mail à [email protected]. Nos bureaux sont ouverts du lundi au vendredi, de 9h30 à 19h00.


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