AnyGenes® propose des services d’analyse de la méthylation de l’ADN pour des projets de recherche épigénétique ciblés ou plus larges, avec des approches comprenant la PCR quantitative spécifique de la méthylation, la MS-HRM, le pyroséquençage, l’analyse globale de la méthylation et le séquençage au bisulfite.
La stratégie analytique peut être adaptée à la question biologique, à la région génomique étudiée, au matériel de départ et au niveau d’information recherché, de l’analyse de sites CpG sélectionnés à un profilage plus large de la méthylation.
L’analyse de la méthylation de l’ADN peut compléter la validation ciblée de biomarqueurs, les études expérimentales sur modèles cellulaires ou l’analyse de données moléculaires selon la question biologique, le matériel disponible et l’avancement du projet.
Caractérisez les réponses à des composés expérimentaux, leurs effets cellulaires et les modifications moléculaires associées à l’aide de modèles cellulaires et d’approches ciblées d’expression génique.
Découvrir le développement in vitro
Évaluez des biomarqueurs candidats par qPCR ciblée, avec des SignArrays® centrés sur les voies biologiques ou des panels d’expression génique personnalisés.
Découvrir la validation de biomarqueurs
Étudiez la méthylation de l’ADN et la régulation épigénétique à l’aide d’approches moléculaires ciblées adaptées aux régions génomiques sélectionnées et aux questions biologiques.
Analysez des données génomiques et transcriptomiques à l’aide d’approches statistiques et bioinformatiques adaptées aux profils moléculaires et aux objectifs de recherche.
Découvrir l’analyse de données à haut débitLa méthylation de l’ADN est une modification épigénétique impliquée dans la régulation du fonctionnement du génome sans modifier la séquence d’ADN sous-jacente. Chez les mammifères, la 5-méthylcytosine (5mC) est fréquemment observée sur les cytosines situées au sein de dinucléotides CpG.
Les ADN méthyltransférases peuvent ajouter un groupement méthyle à la cytosine et générer ainsi de la 5-méthylcytosine. La relation biologique entre méthylation des CpG et transcription dépend du contexte génomique, notamment de la région régulatrice étudiée.
La 5-hydroxyméthylcytosine (5hmC) est une modification de la cytosine apparentée mais distincte, générée par oxydation de la 5mC. Distinguer la 5mC de la 5hmC peut donc être important pour certaines questions de recherche épigénétique.
Les profils de méthylation de l’ADN peuvent varier selon le type cellulaire, le développement, la différenciation, l’état pathologique ainsi que les conditions environnementales ou expérimentales. Leur interprétation doit donc tenir compte à la fois de la localisation génomique et du contexte biologique.
De nombreuses méthodes d’analyse de la méthylation reposent sur la conversion au bisulfite afin de créer une différence de séquence entre les cytosines non méthylées et méthylées. Cette différence peut ensuite être détectée par PCR ou séquençage afin d’étudier et de quantifier la méthylation dans des régions génomiques sélectionnées.
Lors d’un traitement standard au bisulfite, les cytosines non méthylées sont converties en uracile, tandis que la 5-méthylcytosine (5mC) est protégée de cette conversion.
Après amplification par PCR, les positions converties sont lues comme des thymines, tandis que les cytosines méthylées restent détectables sous forme de cytosines. Cette différence de séquence constitue la base de plusieurs méthodes ciblées par PCR ou séquençage utilisées pour détecter et quantifier la méthylation de l’ADN.
Distinction importante entre 5mC et 5hmC : les méthodes standards basées sur le bisulfite ne permettent pas de distinguer la 5-méthylcytosine de la 5-hydroxyméthylcytosine. AnyGenes® a développé un protocole dédié aux projets nécessitant une quantification spécifique de la 5hmC.
La méthode appropriée dépend du besoin d’analyser des régions CpG sélectionnées, de quantifier la méthylation, d’obtenir un profil plus large ou de séquencer de l’ADN converti au bisulfite.
Fondée en 2007, AnyGenes® propose des services d’analyse épigénétique et de méthylation de l’ADN reposant sur des approches complémentaires basées sur la PCR et le séquençage.
La PCR quantitative spécifique de la méthylation (MSqP) peut être utilisée pour détecter et quantifier la méthylation dans des régions génomiques sélectionnées après conversion au bisulfite, à l’aide d’amorces et de sondes spécifiques de la méthylation.
Découvrir l’analyse par MSqPL’analyse de fusion haute résolution sensible à la méthylation utilise les différences de profils de fusion de l’ADN converti au bisulfite afin d’étudier la méthylation dans des régions génomiques sélectionnées.
Découvrir l’analyse MS-HRML’évaluation de la méthylation basée sur les éléments LINE-1 peut être utilisée comme approche indirecte pour étudier des modifications plus larges de la méthylation de l’ADN génomique entre différentes conditions expérimentales.
Découvrir l’analyse globale de la méthylationLe pyroséquençage de l’ADN converti au bisulfite permet une analyse quantitative de la méthylation à des positions CpG sélectionnées au sein de régions génomiques ciblées.
Découvrir le pyroséquençageLe RRBS permet un profilage plus large de la méthylation centré sur les CpG en enrichissant les fractions du génome riches en CpG avant le séquençage au bisulfite et l’analyse bioinformatique.
Le séquençage ciblé au bisulfite permet d’étudier la méthylation de régions génomiques sélectionnées lorsqu’une résolution basée sur le séquençage est nécessaire pour un ensemble prédéfini de cibles.
La stratégie appropriée dépend du matériel biologique, des caractéristiques de l’ADN, des cibles génomiques et du niveau d’information sur la méthylation recherché.
Selon la méthode et le projet, les études de méthylation peuvent démarrer à partir de tissus, de biopsies, de sang ou de matériel FFPE, sous réserve de l’adéquation de l’échantillon et de la qualité de l’ADN.
Les projets peuvent également débuter à partir d’ADN génomique déjà extrait lorsque celui-ci est compatible avec la méthode d’analyse de la méthylation sélectionnée.
Pour les approches ciblées, les informations concernant le gène, la région génomique ou les sites CpG d’intérêt permettent d’orienter la conception de l’essai et le choix de la méthode analytique la plus appropriée.
L’étude de la méthylation de l’ADN peut contribuer à explorer des modifications épigénétiques dans différents contextes biologiques et expérimentaux. L’interprétation dépend de la région génomique, du type cellulaire ou tissulaire, du plan d’étude et de la question de recherche.
Étudiez les profils de méthylation dans des régions régulatrices ou génomiques sélectionnées en relation avec la régulation de l’expression génique et le phénotype moléculaire.
Examinez les modifications de méthylation associées aux processus de développement, à la différenciation cellulaire ou aux changements d’état cellulaire.
Comparez les profils de méthylation entre des groupes biologiques ou expérimentaux définis afin d’étudier des modifications épigénétiques associées à des processus pathologiques.
Étudiez les différences de méthylation associées à des expositions environnementales, des conditions de traitement ou d’autres contextes biologiques définis expérimentalement.
La méthylation de l’ADN constitue un niveau d’information épigénétique. Selon la question de recherche, son analyse peut être complétée par un profilage ciblé de l’expression de gènes codant des enzymes et des régulateurs impliqués dans les processus épigénétiques.
Étudiez la méthylation au niveau de régions CpG sélectionnées ou d’ensembles plus larges de sites génomiques à l’aide d’une méthode adaptée au niveau de résolution recherché.
Analysez de manière ciblée l’expression de gènes impliqués dans la méthylation de l’ADN, les modifications des histones, la régulation de la chromatine et d’autres processus épigénétiques à l’aide de qPCR arrays centrés sur les voies biologiques.
Découvrir les SignArrays® de régulation épigénétiqueRéponses aux questions courantes sur la conversion au bisulfite, les méthodes d’analyse, la 5mC et la 5hmC, le matériel de départ et les analyses épigénétiques ciblées.
L’analyse de la méthylation de l’ADN étudie l’état de méthylation des cytosines dans des régions génomiques définies ou sur des ensembles plus larges de sites CpG. Selon la question de recherche, différentes méthodes peuvent fournir des informations ciblées, relatives, quantitatives ou basées sur le séquençage.
Le traitement standard au bisulfite convertit les cytosines non méthylées en uracile, tandis que la 5-méthylcytosine reste protégée de cette conversion. Après amplification par PCR ou séquençage, cette différence peut être utilisée pour étudier la méthylation à des positions génomiques sélectionnées.
Non. Les méthodes standards basées sur le bisulfite ne permettent pas de distinguer la 5-méthylcytosine de la 5-hydroxyméthylcytosine. Une approche analytique dédiée est nécessaire lorsqu’une quantification ou une étude spécifique de la 5hmC est recherchée.
AnyGenes® propose des approches complémentaires comprenant la MSqP, l’analyse MS-HRM, l’évaluation globale de la méthylation, le pyroséquençage, le séquençage au bisulfite à représentation réduite et le séquençage ciblé au bisulfite. Le choix de la méthode dépend des cibles génomiques et du niveau de résolution recherché.
Selon la méthode analytique et la qualité des échantillons, les projets peuvent démarrer à partir de tissus, de biopsies, de sang, de matériel FFPE ou d’ADN génomique extrait. L’adéquation des échantillons doit être examinée avant de définirla stratégie d’analyse.
Oui. Selon la question biologique, l’analyse de la méthylation de l’ADN peut être complétée par un profilage ciblé de l’expression génique, notamment par qPCR pour des gènes impliqués dans la régulation épigénétique. Ces approches fournissent des informations moléculaires différentes mais complémentaires.
Présentez-nous votre matériel biologique, vos cibles génomiques, votre question de recherche et le niveau d’information sur la méthylation recherché. Notre équipe scientifique peut discuter d’une approche adaptée à vos échantillons et déterminer la méthode d’analyse la plus appropriée au projet.
